《忍者神龟：变种大乱斗》讲述了四个年轻的忍者神龟兄弟——里奥、多尼、米奇和拉夫，他们一直生活在下水道中，在师父斯普林特严格的训练下，练就了高超的功夫技能。尽管他们渴望被人类接纳，但由于变种生物的身份，始终隐藏在城市的地下。一次偶然的机会，他们在人类朋友艾普的帮助下，开始追踪一个神秘的犯罪集团。然而，随着一支强大的变种生物军队的出现，忍者神龟们意识到自己正面临前所未有的威胁。为了保卫城市，四兄弟必须团结一致，运用他们的技能与智慧，展开一场全新的冒险之旅，同时也在战斗中不断成长，证明自己是真正的英雄。