在风都这座表面平静的城市里，侦探左翔太郎与搭档菲利普经营着鸣海侦探事务所。随着一系列离奇事件的发生，他们发现神秘组织"园咲家族"正在暗中流通危险的"盖亚记忆体"，这些装置能让普通人变成怪物Dopant。翔太郎和菲利普使用六支特殊记忆体合体变身成假面骑士W，与制造混乱的Dopant们展开战斗。随着调查深入，他们发现园咲家族背后隐藏着更大阴谋，而菲利普的身世之谜也逐渐浮出水面。当风都塔建立30周年之际，本该被消灭的Dopant突然大规模复活，假面骑士W与风都警署的照井龙（假面骑士Accel）联手对抗危机。故事在激烈的战斗中揭开关于盖亚记忆体的真相，以及菲利普与园咲家族之间不为人知的联系。