在风都这座充满谜团的城市，左翔太郎与菲利普作为搭档，经营着一家侦探事务所。他们的任务是揭开隐藏在风都背后的神秘组织——园咲家族的阴谋。这个家族在地下流通着名为“盖亚记忆体”的危险物品，能让普通人变成被称为Dopant的怪物。翔太郎和菲利普使用六根“盖亚记忆体”合体变身成假面骑士双骑，勇敢地与园咲家族及其制造的Dopant对抗。然而，园咲家族的真正目的仍是一个谜团，菲利普的过去也逐渐浮出水面。与此同时，一位名叫米娜的神秘女子出现，她对假面骑士双骑怀有深深的恨意，并揭露了风都背后更大的阴谋——假面骑士永骑大道克己的存在。随着真相逐渐揭开，假面骑士双骑的战斗进入了新的篇章。