在《新世纪福音战士 剧场版》中，第三次冲击后的世界陷入崩溃边缘。碇真嗣因亲手引发近三灭绝的灾难而陷入自我封闭，而NERV残党与Wille势力围绕人类存续展开最终对决。明日香驾驶改修二号机与量产EVA军团死斗，重伤的绫波丽挣脱碇元渡控制，将反LCL化钥匙交给真嗣。当渚薰的头颅在插入栓中再次低语"这次一定要让你幸福"时，真嗣终于直面内心创伤，在意识领域与父亲完成和解。随着所有EVA系列崩解，真嗣选择让世界脱离AT力场束缚——没有使徒、没有EVA的新世界里，成年的他在车站月台惊醒，身旁是微笑的玛丽与长大后的明日香。