《CLANNAD AFTER STORY》讲述了冈崎朋也和古河渚从高中毕业后共同生活的故事。朋也毕业后进入社会工作，与渚的关系也逐渐加深，最终两人结婚并组建了家庭。然而，渚的身体状况一直不佳，怀孕后更是面临巨大的风险。尽管朋也努力支撑家庭，但渚最终在生下女儿汐后不幸去世。朋也陷入深深的痛苦中，无法面对失去妻子的现实，疏远了女儿汐。几年后，汐在祖母古河早苗的照顾下长大，朋也也逐渐意识到自己对女儿的责任，决定重新振作起来。然而，汐的身体也继承了渚的脆弱，最终因病离世。朋也在巨大的打击下陷入绝望，但在“幻想世界”的影响下，他获得了重新选择的机会，最终成功改变了命运，与渚和汐幸福地生活在一起。