《双凤奇案》讲述了明朝正德年间，陕西省凤翔县发生的一桩离奇命案。世袭指挥秦昆鹏的母亲给孙玉凤送去一只玉镯，两家定下亲事。与此同时，尤彩凤的舅父母褚生和贾氏夜宿尤家，双双被害，贾氏的人头也不知去向。尚朝奉夜里拾到一个包袱，发现是女人头颅，便将其丢入朱砂井中。他害怕伙计孙玉秀报官，将其推入井中害死，并谎称孙玉秀偷银窃物后逃走。县令钱树青受书吏任义操控，判孙玉秀的父亲孙国安赔偿，孙国安不服，被押入狱。孙玉凤为救父亲上堂辩理，却被县令诬为无理取闹，也被关押。案件错综复杂，真相逐渐浮出水面，最终揭开了背后的阴谋与罪恶。