《黑衣人》讲述了纽约警察詹姆斯·爱德华兹在一次追捕中意外发现外星人存在的秘密，随后被招募进专门管理地球外星移民的秘密组织"星际移民局"。化名为特工J的他与资深特工K搭档，负责处理外星人相关事件。两人很快卷入一场危机：外星王子携带重要能源"银河系"被虫族杀害，能量源落入蟑螂形态的外星杀手手中。为了阻止虫族利用能源毁灭地球，J和K一路追查至纽约世博会遗址，最终在决战中消灭虫族首领，保住了银河系。任务完成后，K选择退休并消除记忆回归普通生活，而J则接替他成为新的资深特工，继续守护地球不被外星威胁侵扰。影片以幽默诙谐的方式展现了外星生物与人类共存的奇幻世界。