《迪迦奥特曼・戴拿奥特曼盖亚奥特曼 超时空大决战》讲述了21世纪地球恢复和平后，一颗陨石坠落地球，带来一个人工时空囊。地球和平联盟TPC的GUTS小队通过时空囊得知地球将面临巨大灾难，并且预言中的两大怪兽“哥路渣”和“米路巴”即将出现。GUTS小队根据预言寻找藏在金字塔中的三大巨人身体，几经周折终于找到金字塔。然而，两大怪兽也同时抵达，双方展开激烈战斗。尽管GUTS小队拼死守护，但三个巨像已被破坏，仅剩最后一个。队员大伍的战机被击中，逃生装置失灵，危急关头，大伍突然化作光芒，与最后一个石像结合，光之巨人“迪迦”因此复活。迪迦与两大怪兽展开激烈战斗，试图拯救地球于危难之中。