《名侦探柯南 Episode ONE 变小的名侦探》讲述了高中生侦探工藤新一与青梅竹马毛利兰在游乐园约会时，意外目击黑衣组织的可疑交易。新一跟踪其中一名成员琴酒时被发现，被强行灌下代号为"APTX4869"的神秘毒药。药物并未致死，却使他身体缩小成小学生模样。为保护亲友不被组织发现，新一化名江户川柯南，寄住在兰的父亲毛利小五郎家中。借助阿笠博士发明的道具，柯南一边以小学生身份生活，一边暗中协助毛利破案，同时追查黑衣组织的下落。本作特别重现了新一变小的关键事件，展现了他初次使用蝴蝶结变声器、麻醉手表等道具破案的过程，以及他与兰之间微妙的情感变化。