《还珠格格3天上人间》讲述了小燕子与永琪婚后继续在皇宫闹出各种风波的故事。南巡途中，小燕子将食物分给山东灾民，并大闹官员奢侈宴席，乾隆被他们的正义感动。乾隆迷恋歌姬夏盈盈欲立为妃，引发太后不满，皇后劝谏失败被贬为尼。晴儿与箫剑相爱却受阻，小燕子暗中相助反遭太后责罚。
回京后太后发现小燕子身世秘密，囚禁箫剑逼迫永琪另娶知画。边疆战事爆发，尔康重伤被缅甸公主慕沙所救并设计离间他与紫薇。紫薇坚持寻夫，最终帮助染上药瘾的尔康康复。永琪为爱情放弃王位，与小燕子隐居大理。结局时乾隆突然造访，箫剑晴儿也携子女前来，三代人欢聚一堂，其乐融融。