《凹凸学园》讲述了新生金在充满奇幻色彩的凹凸学园里的爆笑日常。这所学校的初中部和高中部聚集了各种性格鲜明的学生——有整天抱着盆栽说话的植物控、把实验室当厨房的科学狂人、自称来自未来的中二少年，还有把体育课变成杂技表演的运动健将。金在入学第一天就遭遇了食堂机器人暴走事件，由此结识了毒舌学霸格瑞、元气少女凯莉和面瘫技术宅安迷修。随着"校园十大不可思议之谜调查社"的成立，他们经历了图书馆会走路的书架、会变色的游泳池、午夜自动演奏的钢琴等离奇事件，每个谜底却都让人啼笑皆非。在樱花祭筹备期间，金意外发现校长室藏着能实现愿望的"凹凸创世神"扭蛋机，由此引发了一连串令人捧腹的误会。作品通过单元剧形式，用Q版画风展现了这个超现实校园中既荒诞又温暖的青春物语。