《头文字D Third Stage》延续了藤原拓海的赛车成长故事。高桥凉介突然来访，邀请拓海加入Project D车队，准备向全国山路发起挑战。拓海并未立即答应，因为他必须先面对帝王队的须藤京一。击败京几日后，小柏来到秋名山挑战拓海，意外揭开了两代人之间的恩怨，一场激烈的山路对决在伊吕波山道上演。圣诞假期中，夏树被足球队的御木强行带走，拓海驾驶86紧急营救。随着高中毕业，伙伴们各奔前程：竹内树成为加油站正式员工，夏树前往东京求学。在秋名湖畔，拓海向夏树吐露了自己成为职业车手的梦想，决心加入赤诚Red Sun车队，以"改写各地记录，创造传说"为目标继续飞驰人生。