在A.C.196年,地球圈迎来短暂和平后,前OZ统帅特列斯之女玛丽梅亚被巴顿财团扶植为傀儡领袖,组建军队并占据殖民地X18999,企图发动第二次流星作战。同时,地球外交官莉莉娜被挟持为人质。希罗·唯与迪奥、卡特尔等高达驾驶员再度集结,潜入殖民地展开营救。面对巴顿财团的新型机动战士与玛丽梅亚的狂热追随者,五名高达驾驶员驾驶着升级后的机体,在激烈的宇宙战中粉碎了阴谋。最终莉莉娜获救,玛丽梅亚的野心被制止,人类再度迎来和平的曙光。本作以华丽机战场面和深刻的人性探讨,为《新机动战记高达W》的故事画上句点。