《机动战士高达 THE ORIGIN II：悲哀的阿尔黛西亚》讲述了吉翁·兹姆·戴肯的遗孤卡斯巴尔和阿尔黛西亚兄妹在父亲被扎比家族谋害后逃亡的故事。他们与金巴·拉尔一起逃往地球，寄住在提亚波罗·玛斯的家中，与爱德华、雪拉过着平静的生活。然而，扎比家族的势力并未放过他们，暗中追踪着兄妹俩的行踪。与此同时，SIDE 3的国名更改为吉翁自治共和国，扎比家族的野心日益膨胀，试图彻底掌控吉翁的权力。卡斯巴尔化名夏亚·阿兹纳布尔，逐渐展现出复仇的决心，而阿尔黛西亚则在痛苦与迷茫中挣扎，试图寻找自己的道路。兄妹俩的命运在战争的阴影下逐渐走向分岔，吉翁内部的权力斗争也愈发激烈。