在宇宙开拓时代，人类组建了ZAP SPACY组织支援行星资源开采。一艘宇宙运输船改变航线前往边境行星波利斯，因该星突然失联。船员抵达后发现波利斯已成废墟，更遭遇本应灭绝的怪兽。神秘青年雷（レイ）突然出现，展现出驾驭怪兽的能力。与此同时，曾被奥特之王封印的黑暗战士贝利亚被扎拉布星人释放，他带着终极战斗仪攻入光之国复仇，夺走了维持光之国能量的等离子火花核心。失去核心的光之国瞬间冰封，幸存奥特战士被迫逃亡。雷与ZAP船员、奥特战士们联手对抗贝利亚及其怪兽军团，在银河系展开了一场关乎宇宙存亡的终极对决。