《闪电十一人GO2 时空之石》讲述了松风天马与雷门足球社的伙伴们参加"神圣之道"竞赛的故事。在争夺中学足球冠军的公开赛事背后，实则是决定下任圣帝的秘密较量。雷门队不顾胜负指令，坚持用纯粹的热情踢球。当队伍收到强制合宿命令后，他们发现第五部门正试图操控足球的未来。面对足球运动逐渐失去热忱的现状，天马等人以十年后圆堂守传承的精神为指引，在比赛中觉醒"化身武装"力量，对抗时空混战中的强敌。随着剧情推进，他们揭开了第五部门与初代闪电日本队成员间的惊人关联，最终通过究极之绊唤醒了狮鹫兽的力量，为足球界带来新的希望。