《命运之夜06版》讲述了在冬木市举行的第五次圣杯战争。普通高中生卫宫士郎意外卷入魔术师之间的厮杀，召唤出从者Saber（阿尔托莉雅·潘德拉贡）成为御主。七组魔术师与英灵为争夺能实现愿望的圣杯展开激烈战斗。士郎与远坂凛结盟，却发现自己养父的女儿间桐樱也深陷其中。随着战斗升级，士郎逐渐发现圣杯战争的残酷真相，以及自己与英灵Archer（卫宫）的特殊联系。在Saber的陪伴下，他必须面对自己的理想与现实的冲突，最终揭开圣杯被污染的黑暗秘密，为阻止灾难性后果而战。故事融合了魔术、英灵传说与现代校园生活，展现了主角们在命运抉择中的成长与牺牲。