《刀使巫女》讲述了一群被称为“刀使”的少女们的故事。她们是隶属警察组织的特别祭祀机动队，负责祓除威胁人世的异形存在——荒魂。刀使们不仅是拥有佩刀许可的超法规国家公务员，同时也是在全国五所中高一贯制训练学校就读的女学生。故事发生在春天，来自全国五所学校的刀使们齐聚一堂，展开了一场激烈的切磋与较量。主角卫藤可奈美、十条姬和、柳濑舞衣等少女们在战斗中不断成长，面对荒魂的威胁，她们必须团结一心，发挥各自的力量，守护人世的安全。故事中不仅有紧张的战斗场面，还展现了少女们之间的友情与羁绊，以及她们在面对巨大挑战时的勇气与决心。