《刀使巫女》讲述了一个关于守护人类的故事。自古以来，威胁人类生命的异形“荒魂”存在于世间，而依靠“御刀”驱除这些荒魂的巫女被称为“刀使”。她们隶属于日本警察的特别祭祀机动队，是国家允许持有御刀的超法规公务员。这些刀使基本来自日本全国五所初高中一贯制学校的女性学生，表面上过着普通的校园生活，但在执行任务时，她们会手持御刀，展现出超凡的力量，为保护人类而战。这个春天，五所学校中选拔出的顶尖刀使们聚集在一起，按照传统举办五校间的竞技比赛。为了赢得比赛，许多刀使都在刻苦训练。其中，一位心怀强烈欲望并独自磨练技能的少女格外引人注目。她手中的御刀将开辟出怎样的未来？她的选择将如何影响这场战斗与人类命运？