《魔卡少女樱 CLEAR CARD篇》讲述了初中生木之本樱与伙伴们的新冒险。升入初中的小樱与从香港归来的李小狼重逢，平静校园生活却被神秘事件打破。某夜，她收集的库洛牌突然全部变成透明卡片，同时友枝町接连发生超自然现象。在梦见一把神秘钥匙的指引下，小樱与可鲁贝洛斯、知世展开调查。此时班上转来拥有特殊力量的诗之本秋穗，她的管家尤那·D·海渡似乎也与事件有关。随着新敌人艾利欧的暗中行动，小樱必须解开透明卡片的谜团，同时面对自己与李小狼之间萌生的感情。故事延续了前作的魔法世界观，加入了更复杂的人物关系和全新的魔法危机。