《科学小飞侠Crowds insight》的故事发生在2015年的东京都立川市，这里高科技与社交媒体“GALAX”深度融入了人们的日常生活。然而，城市中突然出现了名为“MESS”的未知存在，引发了一系列骚乱。主角一之濑初与她的伙伴们作为“Gatchaman”，利用名为“NOTE”的特殊笔记本，将灵魂能力实体化为铠甲，对抗“MESS”并维护城市和平。与此同时，“GALAX”的创始人试图通过人工智能“X总裁”引导用户“GALAXER”们相互帮助，构建一个理想的横向社会。然而，社交媒体名人“LOAD”却对“Gatchaman”的存在意义提出质疑，认为他们的行动并非真正的解决方案。故事在探讨科技与社会关系的同时，也揭示了人们在快速变化的世界中如何寻找自我价值与归属感。