《Fate/Apocrypha》讲述了一场规模更大的圣杯战争。在第二次世界大战期间，圣杯被一位魔术师夺走。数十年后，千界树一族以圣杯为象征，宣布脱离魔术协会独立。愤怒的魔术协会派出刺客，却遭到千界树召唤的Servant反击。这场战争不同于传统的七对七模式，而是由七个红方Servant对抗七个黑方Servant。红方由魔术协会主导，黑方则由千界树家族控制。战争的核心围绕着圣杯的争夺展开，各方势力为了各自的理想和目标展开激烈战斗。贞德作为Ruler职介的Servant被召唤到战场，她的使命是维持战争的公平性。然而，随着战争的推进，隐藏的阴谋逐渐浮出水面，天草四郎试图利用圣杯实现人类救赎的计划引发了更大的冲突。在混乱中，人造人齐格与黑方的Saber齐格飞相遇，并逐渐卷入这场战争的漩涡。最终，各方势力在圣杯的争夺中展开了生死对决，战争的结果将决定人类的未来。