2000年，一场名为“第二次冲击”的大灾难摧毁了南极大陆，导致地球环境剧变，全球人口锐减。15年后，神秘巨型生物“使徒”突然出现，袭击了人类重建的城市第3新东京市。14岁的少年碇真嗣被父亲碇源堂召唤到NERV总部，却得知自己被要求驾驶名为“EVA”的巨大人型机器人对抗使徒。尽管内心抗拒，但看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，真嗣决定接受挑战。他与NERV的同伴葛城美里、明日香·兰格雷等人一同面对接踵而至的使徒，逐渐揭开了EVA与使徒背后的秘密。与此同时，碇源堂暗中推进着“人类补完计划”，其真实目的令人难以捉摸。真嗣在战斗与自我怀疑中不断成长，最终面对人类命运的抉择。