在《EVA 新世纪福音战士剧场版：Air / 真心为你》中，SEELE发动了对NERV总部的全面进攻，企图夺取人类补完计划的主导权。碇真嗣因精神崩溃而拒绝驾驶初号机，导致明日香独自迎战量产型EVA军团。在惨烈的战斗中，明日香虽展现出惊人实力，最终仍被击败。与此同时，绫波丽选择背叛碇源堂，将莉莉丝的力量交给真嗣。当人类补完计划启动时，真嗣面临是否要消除所有人类心之壁的终极抉择。在精神世界中，他最终选择接受人与人的隔阂，所有个体的灵魂得以保留。剧场版以真嗣与明日香在红色海岸边的对话作结，留下人类未来命运的开放式结局。