在近未来的日本，一场原因不明的大灾害几乎摧毁了整个国家。五年后，当日本正逐渐从废墟中重建时，年轻的科学家天马午太郎和茶水博志在某所大学里致力于机器人技术的研究。天马博士执着于开发具有情感的机器人，而茶水博士则专注于实用型机器人技术。两人在研究过程中意外创造出拥有自我意识的机器人A106（阿童木原型机），这个突破性发明很快引起了军方和神秘组织「堤家」的注意。随着各方势力对A106的争夺，两位博士被迫卷入了一场关乎人类与机器人未来的阴谋中。故事展现了科技与伦理的冲突，以及创造者与被造物之间复杂的情感羁绊。