小光是一位住在神奥地区的10岁女孩，今天是她作为新人训练家踏上冒险之旅的重要日子。为了获得第一只宝可梦，她前往隔壁城镇的宝可梦研究所，却在途中迷了路。与此同时，研究所内新人用的宝可梦——树苗龟、小火猴和圆企鹅发生了激烈的冲突，引发了一场大骚乱，宝可梦们纷纷逃出研究所。小光偶然遇到了正在旅行的宝可梦训练家小智和他的皮卡丘，他们决定一起帮助找回逃跑的宝可梦。在这次冒险中，小光正式开始了她的训练家生涯，并与小智结伴同行，探索神奥地区的各个角落，挑战道馆馆主，参加宝可梦对战，为实现成为宝可梦大师的梦想而努力。