《科学小飞侠II（1978）》的故事发生在一个虚构的日本第二首都——2015年的东京都立川市。在这个高科技的时代，智能手机和社交网络已经成为人们生活中不可或缺的一部分。然而，城市中出现了名为“MESS”的未知存在，引发了各种麻烦与骚乱。主角一行人作为“Gatchaman”，利用特殊的笔记本“NOTE”将灵魂的特殊能力实体化为铠甲，通过这种力量介入事件，维护城市的和平。与此同时，社交网络平台“GALAX”也在悄然改变着城市。“GALAX”的一位名人“LOAD”并不认同“Gatchaman”为城市带来的意义。通过“GALAX”，不同职业和身份的“GALAXER”可以各司其职地帮助周围的人。每当“GALAXER”遇到困难时，他们会受到软件自带的人工智能“X总裁”的指导，掌握紧急事件的状况，并尝试通过自己和周围的人解决问题。“GALAX”的创立者希望通过这种方式建立一个理想的横向社会。