《Charlotte SP》讲述了拥有特殊能力的少年乙坂有宇原本过着平凡的校园生活，直到遇见神秘少女友利奈绪后，他的命运彻底改变。在这个世界上，部分青春期少男少女会觉醒超能力，而友利奈绪正是为了寻找这些特殊能力者而来。随着故事展开，乙坂有宇与其他能力者如能瞬间移动的西森柚咲、能读取他人记忆的高城丈士朗等人相遇，他们不仅要面对能力带来的困扰，还要躲避神秘组织的追捕。这群年轻人被迫团结起来，在友利奈绪的带领下，共同对抗命运的安排，寻找能力者们的出路。这是一个关于成长、友情与抉择的青春物语，特殊能力者们将在这段冒险中找到自己的人生方向。