《黑色残骸》讲述了一个跨越时空的科幻故事。2016年夏天，日本立山黑部峡谷在修筑大坝时发现了一个名为“Artifact”的神秘遗物。为了研究这个遗物，联合国设立了黑部研究所，并将世界各国精英的子女们聚集在立山国际高中就读。研究所长的女儿白羽由希奈也在其中。某天，一名沉睡已久的武士青马剑之介时贞突然苏醒，他来自战国时代，被卷入了一场与现代科技交织的奇异命运。青马与时贞与白羽由希奈等人相遇，并与试图夺取“Artifact”的神秘敌人展开激烈战斗。在守护人类未来的过程中，他们逐渐揭开“Artifact”背后隐藏的真相，并面对跨越时代的命运抉择。