《翼神传说 间奏曲：她与她自己》讲述了在西历2017年，东京上空突然出现神秘的入侵者MU，人类与MU之间的冲突由此展开。故事发生在TOKYO JUPITER，这是一个以东京羽田空港为直径150公里的半圆形自治领域，内部时间比外界慢6倍，2300万人误以为外部世界已毁灭。主角如月久远是一名拥有特殊能力的少女，她在MU的操控下逐渐觉醒，发现自己与MU有着千丝万缕的联系。久远在追寻真相的过程中，不仅要面对外部的敌人，还要与内心的自我进行斗争。随着故事的推进，她逐渐揭开了MU的真实目的以及自己身世的秘密，最终在自我认知与命运的抉择中找到了属于自己的道路。