世界受到“魔甲虫”的威胁，大地被它们占据，人类只能居住在天空中的浮游都市。为了对抗这些怪物，人类中诞生了以魔力为武器的空战魔导士。彼方·英司是空战魔导士培育机构“密斯特岗”的学员，他曾是拥有“黑之剑圣”称号的S128特务小队的精英王牌，但如今却被视为“特务小队的叛徒”，遭到众人的轻蔑与厌恶。某天，彼方被任命为屡战屡败的E601小队的教官，这支小队由三名个性迥异的少女组成：美空·惠特儿、蕾克蒂·艾森纳赫和莉子·弗拉梅尔。面对问题学生和自身的质疑，彼方决心带领她们走向胜利。在彼此磨合与成长的过程中，这支小队逐渐展现出惊人的潜力，展开了一段热血激昂的冒险之旅。