《超时空要塞II 再爱一次 OVA》的故事發生在第一次宇宙大戰結束十年後，地球正處於和平重建的階段。然而，某天警報突然響起，早已廢棄的SDF－1戰艦突然啟動，並向天空發射了一束粒子流。這一幕讓身為記者的神崎響感到震驚與好奇，因為歷史上SDF－1主炮自動開火的情況只發生過一次，那是在傑特拉蒂軍初次入侵太陽系的時候。隨著事件的發展，神崎響逐漸發現這次異動背後隱藏著更大的危機。一種名為馬爾杜克的新外星勢力正在逼近地球，他們的戰鬥方式與人類熟悉的歌聲戰術相似，卻更加強大。地球統合軍試圖沿用過去的戰術應對，卻發現形勢遠比想象中嚴峻。神崎響與其他角色必須在危機中找到新的應對方法，守護地球的和平。