故事发生在近未来的日本，一个叫疏濑的城市。市民们过着平凡的生活，只不过在城市的一角，山冈上矗立着外形酷似熨斗的医疗机器制造厂，每到固定时刻，那个工厂都会像刚烫完东西一样散发出大量的蒸汽。小学六年级学生直太，高中女生真见美，直太留学的哥哥的女友，三个人一起在河边打发时间。本该一如往常的日子，随着传说中的蜜蜂女——睛子驾驶的电车撞上直太而结束了。直太头上长出了奇怪的角！而睛子居然成为直太家的佣人进入了直太家。睛子的秘密与她口中常念起的“FLCL”的含义，令直太的生活有了翻天覆地的改变。随着睛子的到来，直太的生活逐渐脱离了平凡的轨道，一系列奇异的冒险和事件接踵而至，令他开始重新审视自己的生活与成长。