《翼·年代记 东京默示录》讲述了小狼、小樱、法伊和黑钢一行人穿越到荒废的东京，这座城市因酸雨和资源匮乏而陷入混乱。东京仅存的水源位于都厅和东京铁塔，两方势力为争夺水源展开激烈斗争。抵达东京后，小樱陷入沉睡，灵魂与身体分离，进入了都厅水下由羽毛织成的茧中。在茧中，她听到了昴流的呼唤，催促她醒来。与此同时，小狼一行人结识了神威等人，并决定帮助他们解决东京的危机。在旅途中，他们不仅要面对环境的残酷，还要解开小樱沉睡的秘密，同时收集散落在各处的羽毛，以拯救小樱的记忆。故事充满了奇幻与冒险，展现了角色们在绝望中寻找希望的历程。