在《攻壳机动队 S.A.C. 2nd GIG》中，公安九课面临新的危机——神秘的难民领袖"久世英雄"策划了一系列针对日本政府的网络攻击。随着电子脑病毒"个别的十一人"蔓延，素子少佐在追查中发现久世竟是曾与她共享记忆的义体人。当难民暴动与政府阴谋交织，九课被迫在政治漩涡中周旋。最终对决中，素子与久世在数字海洋相遇，揭示了"Stand Alone Complex"现象的本质——无关联个体因共同信息产生的集体行为。故事以久世牺牲换取难民权益告终，而素子则继续游走于人类与电子的边界，思考着意识存在的意义。