《机动战士高达SEED Destiny HD》是《机动战士高达SEED》的续作，讲述了C.E.73年的故事。地球联合与Z.A.F.T.之间的战争再次爆发，局势日益紧张。新人类“COORDINATOR”与自然人之间的矛盾依旧存在。主角真·飞鸟是一名年轻的Z.A.F.T.士兵，因家人在地球联合的袭击中丧生而心怀仇恨。他驾驶高达“脉冲”投身战场，逐渐展现出非凡的战斗力。与此同时，前作的主角基拉·大和与阿斯兰·萨拉也再次被卷入战争的漩涡。随着各方势力的角逐，真相逐渐浮出水面，战争的背后隐藏着更为复杂的阴谋。真·飞鸟在战斗中不断成长，逐渐意识到战争的残酷与和平的可贵。最终，他与基拉、阿斯兰等人共同面对真正的敌人，为终结战争、寻求和平而奋斗。