《魔女猎人罗宾》讲述了一个魔女与人类共存的世界中，所罗门组织成立了一支名为STN的行动部队，专门监视和猎捕对人类构成威胁的魔女。罗宾是一名拥有强大法力的魔女，同时也是STN的一员。她被从欧洲派往日本，参与猎捕魔女的计划。随着时间的推移，罗宾开始对自己所从事的事业产生怀疑。她的搭档亚门对她态度冷淡，而罗宾意外得知亚门曾残酷猎杀了自己的前任搭档，这让她感到不安。与此同时，罗宾获得了极其强大的魔力，战斗力大幅提升，却也因此成为了所罗门重点防范的对象。在这个过程中，罗宾逐渐发现了组织背后隐藏的阴谋，甚至意识到自己也是组织想要猎杀的目标之一。