《幻影死神》讲述了一个关于校园传说与超自然事件交织的故事。宫下藤花体内隐藏着名为Boogiepop的第二人格，这个身着奇装的"死神"出现在校园中，与一连串离奇失踪事件有关。城之内获得了看见并吞噬人类负面情绪化身的"心虫"的能力，却在拯救他人的过程中逐渐迷失自我。与此同时，有藤美铃执着于已故友人留下的"世界爱"理念，却在Boogiepop的揭露下发现这不过是对残酷现实的逃避。随着光柱降临事件的发生，多个角色的命运被神秘力量串联起来，他们各自面对内心阴影，在现实与超自然的边界线上挣扎。故事通过多重视角，展现了当普通人遭遇超常现象时，人性在恐惧与勇气之间的摇摆。