南十字岛是一座坐落于日本南方的丰饶小岛，某天夜晚，一位名叫津名志拓人的少年来到了这座岛。这个独自从本土游来的少年，进入了岛上的南十字学园高中部学习，性格开朗向上的他遇到了扬卷和子、进藤须方等充满个性的学生，并与他们深入交流、结下了友谊。但是，这个南十字学园其实隐藏着巨大的秘密。沉睡于地下的巨像“赛巴迪”和守护它们的“星之塔”组织，以及被称为“银河美少年”的神秘战士。拓人意外觉醒了成为银河美少年的能力，并与敌对组织“绮罗星十字团”展开了激烈的战斗。为了保护岛屿和朋友们，拓人驾驶着自己的赛巴迪，踏上了守护星之塔的旅程，同时也揭开了南十字岛背后隐藏的真相。