《蜂蜜与四叶草》讲述了美术大学生竹本祐太、真山巧和森田忍在破旧的公寓中过着贫困却快乐的生活。一天，他们的老师花本修司介绍了他的堂兄弟女儿花本叶久美，一个娇小可爱的插班生。竹本和森田对她一见钟情，但两人的爱情表现截然不同。竹本迟钝单纯，森田则总是让人捉摸不透，叶久美却并未察觉他们的心意。与此同时，真山一直念念不忘已故的建筑设计师理花，却又逐渐感受到同学山田亚由美对自己的深情。理花因真山的爱感到负担，山田则因无法表达心意而苦闷。故事围绕着这两对复杂的三角关系展开，描绘了他们各自在爱情中的迷茫与成长。