东京、神奈川、静冈、长野等地接连发生了六起杀人事件，每起案件的现场都留下了一枚背面刻有字母的麻将牌，警方认为这是同一凶手所为。警视厅联合各县警署召开联合搜查会议，毛利小五郎作为特别顾问参与调查。与此同时，江户川柯南通过案件线索，发现这些事件与黑衣组织有关。柯南与警方合作，逐渐揭开案件的真相，发现凶手与黑衣组织有着密切联系。在调查过程中，柯南与黑衣组织的成员正面交锋，面临巨大的危险。最终，柯南凭借智慧与勇气，成功阻止了凶手的计划，并进一步接近了黑衣组织的核心秘密。然而，黑衣组织的威胁依然存在，柯南的冒险仍在继续。