《名侦探柯南：计时引爆摩天楼》讲述了柯南与少年侦探团遭遇连环炸弹袭击的故事。森谷帝二教授因对年轻时设计的建筑不满，策划了针对东京地标建筑的爆破计划。他先是炸毁了黑川家宅邸，又通过遥控飞机炸弹袭击少年侦探团。与此同时，小兰正与新一约定观看午夜场电影，却不知自己所在的米花市政大楼已成为下一个目标。柯南通过推理锁定凶手，在炸弹即将引爆的危急时刻，凭借新一电话指导小兰拆除了炸弹。最终森谷教授被捕，而他试图炸毁的米花市政大楼因小兰剪断红线而幸免于难，这个选择恰好与新一最喜欢的颜色一致，暗示着两人命运的紧密联系。