《给工藤新一的挑战书离别前的序章》讲述了高中生名侦探工藤新一在帝丹高中的日常生活。他与青梅竹马毛利兰互有好感，却始终未表白。某天，新一醒来发现自己身处一个白色的密闭空间，与小兰被手铐铐在一起，小兰的父亲毛利小五郎也倒在房间内。三人完全记不起为何会被关在这里。随后，小五郎找到一封给新一的信，声称这个白色房间是送给新一的礼物。新一意识到这是一场针对他的挑战，必须解开谜团才能逃出房间。随着调查的深入，新一逐渐揭开真相，同时也面临更大的危机。故事围绕新一的推理展开，展现了他在面对复杂案件时的智慧与勇气。