公元2199年，地球因加米拉斯行星的游星炸弹攻击而濒临毁灭，人类被迫转入地下生存。地球防卫军宇宙舰队在冥王星战役中全军覆没。此时，来自14万8千光年外伊斯坎达尔星的波动引擎技术让宇宙战舰大和号得以启航，开启拯救地球的远征。在冥王星战役中，大和号为保护星球生物放弃使用波动炮，最终沉入海底，但成功解除了游星炸弹的威胁。此举引起加米拉斯帝国大总统德斯拉的注意。当大和号穿越太阳系继续航程时，遭遇德斯拉布设的机雷防线。冲田舰长试图利用雷区间隙突破，却被突然收缩的机雷群围困，陷入绝境。船员们必须在有限时间内找到脱困之法，继续前往伊斯坎达尔星的使命。