某日，小新未来的新娘多美子从20XX年的未来都市“Neo Tokio”来到小新的面前。多美子告诉小新，未来的他被“Neo Tokio”的支配者，也就是多美子的父亲金有增藏绑架了，需要只有5岁的小新帮忙解救。于是小新决定和多美子乘坐时光机去未来都市。到达未来后，他们立刻开始寻找已经成年的小新，却遭到了金有增藏派出的刺客袭击。在躲避追捕的过程中，小新和多美子结识了未来的朋友们，并逐渐揭开了金有增藏的阴谋。面对重重困难，小新凭借机智和勇气，成功救出了未来的自己，并与多美子一起击败了金有增藏，恢复了“Neo Tokio”的光明未来。最终，小新回到现实，继续他无忧无虑的童年生活。