2009年4月，因10年前失去双亲而由亲戚抚养的少年结城理转学到私立月光馆学园高中部，并入住学生宿舍。不久后，他在一个被称为“影时间”的神秘时段遭遇了异形怪物“Shadow”的袭击。危急时刻，理体内隐藏的特殊能力“Persona”觉醒，帮助他击退了怪物。随后，他被学姐桐条美鹤邀请加入“特别课外活动部”，这是一个由能够使用Persona的学生组成的秘密组织，专门对抗影时间中出现的Shadow。理逐渐了解到，影时间是一个隐藏在每天交替时刻的狭缝中的时间，每当影时间来临，世界便停止运转，普通人会化为静立的棺木，只有Persona的使用者能够行动。随着理与伙伴们的并肩作战，他开始揭开影时间背后的秘密，并面对自己内心的阴影。