《EVA 新世纪福音战士新剧场版1.11：序》讲述了在突袭世界的“第二次冲击”后，世界在废墟中重建的故事。14岁少年碇真嗣被父亲碇元渡召唤到第3新东京市，原本期待与父亲见面的他，却目睹了名为“使徒”的巨大生物与军队交战。危急时刻，特务机关NERV的葛城美里救下真嗣，并带他前往NERV总部。然而，等待真嗣的却是父亲的冷酷命令：驾驶名为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。真嗣起初拒绝，但在看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定接受任务。从未受过训练的真嗣，被迫驾驶EVA初号机迎战使徒。随着使徒不断袭来，神秘少女绫波丽、德国来的驾驶员惣流·明日香·兰格雷相继出现，真嗣面对远超自己能力的挑战。与此同时，碇元渡不动声色地观察一切，背后隐藏着一个名为“人类补完计划”的神秘计划。