2027年的圣诞夜，新滨市爆发大规模抗议活动，反对政府与库赞共和国的纯净水合作计划。突然，城市交通系统遭到黑客入侵瘫痪，现场维持秩序的警察竟向民众开枪。公安九课少校草薙素子率领巴特、陀古萨等队员紧急出动，与恐怖分子展开激战。时间回溯到同年6月，陆军501机关中佐真室在街头遇害。公安九课课长荒卷大辅在墓地调查时，首次遇见生化人草薙素子。她接受委托追查真相，过程中结识了拥有"不眠之眼"的巴特等人。这段惊心动魄的冒险，正是传奇部队"攻壳机动队"成立前的序幕。本片改编自士郎正宗的经典原作，讲述在战后伤痕累累的新滨市，一群身怀绝技的战士如何集结成军，对抗高科技犯罪与政治阴谋。