《宇宙战舰大和号 新的旅程》讲述了公元2199年，地球遭到神秘行星加米拉斯的攻击，面临毁灭危机。游星炸弹释放的放射能污染了地球表面，人类被迫躲入地下求生。地球防卫军在冥王星战役中惨败，人类陷入绝望。此时，14万8千光年外的伊斯坎达尔星为地球带来希望，配备了“波动引擎”的大和号启程，开启了一场来回29万6千光年的冒险。大和号计划攻击冥王星基地，解除游星炸弹的威胁，但加米拉斯基地司令使用最新武器“反射卫星炮”反击。大和号因冥王星上有其他生命无法使用波动炮，最终沉入冥王星海底。尽管如此，大和号的英勇表现解除了地球的威胁，却引起加米拉斯帝国大总统德斯拉的注意。大和号继续前往伊斯坎达尔，途中遭遇德斯拉机雷防卫线，陷入险境。