《魔法老师涅吉! ANIME FINAL》讲述了魔法世界的天才少年涅吉·史普林菲尔德与他的学生们在麻帆良学园展开的最终决战。故事开始于学院钟楼的崩塌，涅吉站在顶端，手中魔杖迸发出耀眼的光芒，照亮了整个校园。他身后是三十一位伤痕累累的学生，面前则是撕裂天空的暗黑魔法阵。这场决战来得比所有人预想的都要突然，本该在毕业典礼绽放的樱花，此刻却被暴走的魔力染成血红色。明日菜的剑刃已经出现裂痕，夕映的符咒所剩无几。涅吉与他的学生们必须齐心协力，面对强大的敌人，保护他们所珍视的一切。在这场生死攸关的战斗中，每个人都将展现出自己的勇气与决心，为最终的胜利而战。